El Hospital CIMA San José cuenta con dos farmacias, una de las farmacias se ubica en el edificio principal del Hospital por el acceso este, brindando atención continua las 24 horas al público en general, todos los días de la semana, incluyendo feriados. Esta farmacia a su vez, abastece las necesidades de los pacientes hospitalizados y de los demás servicios internos, como urgencias y recuperación.
La segunda farmacia, está ubicada en el lobby de la Torre Médica N° 1 con horario de atención de lunes a viernes de 9 am. a 8 pm. y con el servicio adicional, de aplicación de inyectables bajo prescripción médica, así como de vacunas, lo anterior a cargo de un profesional en enfermería, dentro de las mismas instalaciones de la farmacia, en el Centro de Vacunación CIMA.